10x Genomics FFPE樣本的單細胞+空間解決方案

基于單細胞基因表達Flex的單細胞FFPE樣本解決方案

就像膠卷能夠及時定格我們生活中的美好瞬間一樣，福爾馬林固定石蠟包埋（FFPE）的組織讓我們能夠保存寶貴的生物樣本。據估計，全球有超過10億個組織樣本被保存在醫院和生物樣本庫中，等待著蘊藏于其中的生物學秘密被揭開，而其中大多數都是以FFPE形式儲存的。

自100多年前首次被發現以來，FFPE組織已成為重要資源，有助于人們研究疾病過程以及診斷和治療多種疾病。例如，在腫瘤學中，研究人員和醫生依靠FFPE組織來檢測癌基因，并尋找和追蹤腫瘤形態隨時間的變化。在病理學中，FFPE是標本收集和保存的標準方法，這些樣本被病理學家用于確定FFPE切片上疾病的可視化特征，通常這些樣本都與有價值的臨床數據相關聯，如患者信息記錄、使用的藥物，甚至臨床結果。

盡管FFPE處理對生命科學研究來說是革命性的，但這種處理方式會破壞RNA分子，讓轉錄組學水平的研究復雜化，因此成為阻礙科研及臨床研究者進一步探索這類樣本中蘊含的寶貴信息的主要因素。在今年剛剛結束的AGBT大會上，10x Genomics首次宣布了在單細胞及空間維度針對FFPE樣本的全新解決方案，同時也成為目前市面上首家可以同時提供商品化的單細胞及空間FFPE解決方案的廠家。

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10x Genomics單細胞FFPE解決方案

我們這里介紹的是在剛剛結束的AGBT大會上展示的初步數據。將一塊浸潤性導管癌的FFPE組織進行切割后，用手工解離和酶消化相結合的方法將其解離成懸液，然后使用10x Genomics今年最新推出的單細胞基因表達Flex試劑盒的標準實驗方案，進行樣本固定后進行單細胞轉錄組測序。通過對數據進行處理，得到了13種細胞類型（含1種未知細胞類型），我們很高興地看到，從該FFPE樣本中也檢測到了很多免疫細胞。

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浸潤性導管癌FFPE組織的單細胞分析

通過標志基因的表達情況，還能夠看到細胞增殖以及耗竭性T細胞

浸潤性導管癌是乳腺癌最常見的病理類型。乳腺癌是由多種異型性病變組成的一大類疾病的集合體，雖然都命名為乳腺癌，但這些病變的異常分子、癌細胞構成以及臨床轉歸都各不相同，因此使乳腺癌的腫瘤分類更顯特別。經過不斷的改進及演變，目前多基因預測成為了乳腺癌分型的一個新途徑，但傳統方法通常是基于bulk水平根據基因特征（gene signature）對癌癥進行分類。現在有了單細胞FFPE解決方案，我們可以將基因特征應用于該數據集中的每種細胞簇，下圖展示了將每個細胞簇與PAM50基因特征相關聯。

結果顯示，實際上只有一個編號為17的細胞簇與癌癥亞型顯示出強相關性，而其他細胞簇與正常特征相關。之前有文獻對新鮮樣品進行過此類分析，但在FFPE數據上發現這一點，可以使研究人員解鎖大量儲存在醫院以及生物樣本庫中的FFPE樣本上的寶貴信息，為研究疾病進程增加一個全新的信息軸！

基于CytAssist的全新空間FFPE樣本解決方案

FFPE組織塊的全轉錄組空間基因表達分析可以幫助我們解決哪些挑戰，取得哪些突破？我們就此采訪了一些頂尖的轉化研究人員。讓我們一起看看他們的回答：

這是一種全基因組范圍的技術。我能夠同時查看所有東西。因此我認為，它不僅適用于癌癥領域，也適用于復雜疾病的研究。

——約翰霍普金斯大學腫瘤學講師 Luciane Kagohara
在我看來，這是一種領先的技術。它能夠真正幫助我們進一步改善療法，確定在患者身上測試的新療法，并推動精準腫瘤學，這真的是特異性針對患者的。

——約翰霍普金斯大學Sidney Kimmel癌癥中心副主任 Elizabeth Jaffee
通過在FFPE樣本上使用Visium技術，我們如今真的能夠解鎖大量的遺留數據。我可以回顧過去失敗的每一個試驗，試著去理解它為什么沒有成功，看看我們是否可以發現新的治療機制。這太令人興奮了。

——約翰霍普金斯大學定量科學研究項目助理主任 Elana Fertig

基于CytAssist的Visium FFPE空間解決方案的主要優勢：

解鎖更多樣本類型。您可以把標準載玻片上的預切片組織、存檔的蓋玻片樣本或新切切片中的分析物轉移到Visium空間玻片上，進一步擴展了兼容的樣本類型。
解決選片困擾。之前選擇哪一張切片進行空間分析一直是大家覺得有挑戰的地方，有了CytAssist，您可以通過H&E或免疫熒光染色確定要分析的正確切片，然后再用CytAssist進行分析物轉移，極大的避免了之前的風險，能夠準確地選擇想要使用Visium分析的切片。
同一張組織切片上可以進行H&E或免疫熒光染色+空間基因表達分析。
更靈活的反應面積。您可以選擇使用6.5x6.5 mm 或11x11mm的反應區域來對樣本進行分析。

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基于單細胞基因表達Flex的單細胞FFPE樣本解決方案

基于CytAssist的全新空間FFPE樣本解決方案

這是一種全基因組范圍的技術。我能夠同時查看所有東西。因此我認為，它不僅適用于癌癥領域，也適用于復雜疾病的研究。

在我看來，這是一種領先的技術。它能夠真正幫助我們進一步改善療法，確定在患者身上測試的新療法，并推動精準腫瘤學，這真的是特異性針對患者的。

通過在FFPE樣本上使用Visium技術，我們如今真的能夠解鎖大量的遺留數據。我可以回顧過去失敗的每一個試驗，試著去理解它為什么沒有成功，看看我們是否可以發現新的治療機制。這太令人興奮了。

基于CytAssist的Visium FFPE空間解決方案的主要優勢：

這是一種全基因組范圍的技術。我能夠同時查看所有東西。因此我認為，它不僅適用于癌癥領域，也適用于復雜疾病的研究。

在我看來，這是一種領先的技術。它能夠真正幫助我們進一步改善療法，確定在患者身上測試的新療法，并推動精準腫瘤學，這真的是特異性針對患者的。

通過在FFPE樣本上使用Visium技術，我們如今真的能夠解鎖大量的遺留數據。我可以回顧過去失敗的每一個試驗，試著去理解它為什么沒有成功，看看我們是否可以發現新的治療機制。這太令人興奮了。